Se il secondario AT fosse parzialmente in corto la tensione diminuirebbe, non aumenterebbe. Potrebbe magari essere il primario in corto, se la tensione è più alta, ma dubito. Dovresti provare a misurare una tensione di un secondario di cui sei certo, come quella dei filamenti. Se la tensione di filamento è giusta (tra i 7 ed i 6 volt per i 6.3) allora sei tranquillo che il trafo è a posto. Considera anche che i vecchi trasformatori erano a 220 volt, l'ENEL adesso fornisce i 230 volt, che tra l'altro cono a +/-10%, quindi possono arrivare anche a 240 tranquillamente (come a casa mia, a volte ho anche 245 volt).
Per provare se le resistenze sono a posto, non c'è niente altro da fare che sostiruirle per vedere se sparisce il crepitio. Per non fare troppe menate, le stacchi da una sola parte e poi saldi quella nuova. Se non hai una resistenza di valore e dissipazione giusta, mettici un grappolo serie/parallelo, tanto per provare. Poi quando trovi quella difettosa la compri del valore giusto.
Hai provato a ripassare tutte le saldature dell'alimentazione e del finale audio??? Il Ravalico le indica come uno dei primi problemi in caso di crepitii. La pasta disossidante che si usa per le saldature, infatti, a volte crea un piccolo strato isolante tra lo stagno ed il terminale. Poi, a forza di cambi di temperatura, vibrazioni, ... la conduttività diventa instabile.